治疗角膜溃疡的基本原则：采取一切有效措施迅速控制感染，争取早日治愈，将角膜炎的后遗症减少到程度。
爱尔眼科医院眼表专家介绍，由于大多数溃疡性角膜炎为外因所致，因此，除去致病外因，消灭致病微生物极为重要。为了有助于病因诊断，应从角膜溃疡的进行缘取材做涂片，作细菌培养和药物敏感试验(必要时做霉菌培养)。但不要为等待试验结果而贻误治疗，应立即采取必要的措施。
治疗过程、应注意事项和应用方法：
1. 热敷：使眼部血管扩张，解除壅滞，同时促进血流，增强抵抗力和营养，使溃疡得到迅速的恢复。
2. 冲洗：如果分泌物较多，可用生理盐水或3%硼酸溶液，每日冲洗结膜囊3次或更多次数，以便将分泌物、坏死组织、细菌和细菌产生的毒素冲洗出去。这样，不但减少感染扩大的因素，同时也可保证局部上药的浓度不至减低。
3. 散瞳 ：阿托品为主要而且是常用的药物，对单纯性角膜溃疡或刺激症状不显著者可以不用，对刺激症状显著和势将穿孔的溃疡必须使用。这种药对于治疗角膜溃疡有双重作用;一方面使瞳孔括约肌和睫状肌得到休息，另方面可防治虹膜睫状体炎及其所引起的后果。再者，由于眼内肌痉挛解除，因而也有止痛作用。
4. 制菌剂 ：主要起抗菌作用。
5. 包扎和敷裹：为了使眼球停止转动，促使溃疡早日痊愈，必须进行包裹。这一处理特别适应于冬季。因其不但使眼球不致受凉，而且又发生热敷与保护作用。如果结膜囊内有分泌物者，不应包扎，可以布勒氏(Buller氏)眼罩或黑眼镜代替之。再者，如果溃疡势将穿破，或在结瘢期势将隆起，应于每日施以压迫绷带包扎，如果日间不可能，应在晚间睡眠时用之，以期挽救不良后果。
6. 病因治疗：治疗角膜溃疡的同时，必须注意溃疡发生的原因，而予以治疗。最应注意者就是结膜病和营养不良。例如沙眼血管翳溃疡，如果不同时治疗沙眼，溃疡难得痊愈。又例如角膜软化，如果不注意全身营养，补充维生素A，不但角膜软化难得痊愈，且会更加恶化。
